电影《火烧红莲寺》讲述了明朝时期，红莲寺因藏有重要佛教圣物而成为权力争夺的焦点。故事背景设定在一个动荡的江湖时代，群雄割据，宗教势力与武林门派激烈斗争，红莲寺因此卷入了一场腥风血雨的纷争。

影片主要围绕主人公方云展开，他是一位身怀绝技的武林高手，因缘际会来到红莲寺，卷入了寺中藏宝的秘密。在寺中，方云结识了冷艳聪慧的尼姑慧莲，两人携手对抗企图抢夺圣物的恶势力。红莲寺内部也隐藏着复杂的人物关系，有忠诚正直的和尚，也有鬼鬼祟祟的叛徒，局势扑朔迷离。

剧情高潮部分发生在恶势力大举攻寺，火光熊熊中，方云与慧莲奋力防守，展开激烈的生死搏斗。最终，红莲寺被烧毁，圣物虽未落入恶人之手，却也付出了沉重代价。结尾中，方云和慧莲在废墟上立誓，守护正义，继续在动荡的江湖中行侠仗义，故事带有浓厚的悲壮色彩与英雄主义精神。